Η Ε΄ Χειρουργική Κλινική της Ιατρικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης βρίσκεται στον τρίτο όροφο του κτιρίου Α΄ του ΓΝΘ ΙΠΠΟΚΡΑΤΕΙΟ, ενώ στο υπόγειο του ιδίου κτιρίου είναι εγκατεστημένο το Εργαστήριο Χειρουργικών Δεξιοτήτων της κλινικής.
Βρίσκεται στον χώρο αυτό μετά την 5394/11 Ιουνίου 1986 απόφαση της Γενικής Συνέλευσης της Ιατρικής Σχολής σε εφαρμογή της διϋπουργικής απόφασης που δημοσιεύθηκε στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως με αριθμό 142/2-4-1986.

Η αρχική ονομασία της που αναφέρεται και στην ως άνω απόφαση της Ιατρικής Σχολής ήταν Β2 Χειρουργική Προπαιδευτική Κλινική με δύναμη 30 κλινών. Αργότερα μετονομάσθηκε σε Ε΄  Χειρουργική Κλινική και με την με αριθμό ΕΣ 203/30-9-2002 Απόφαση περί Αναδιάρθρωσης Τομέων Ιατρικής Υπηρεσίας του Επιστημονικού Συμβουλίου του ΓΝΘ ΙΠΠΟΚΡΑΤΕΙΟ έχει δύναμη 28 κλινών.

Ιδρυτής της Κλινικής και πρώτος Διευθυντής ήταν ο Καθηγητής Χειρουργικής 
Ορθόδοξος Παπάζογλου (1986 - 1997). 

Κατά χρονολογική σειρά οι επόμενοι Διευθυντές ήταν: 
Ευθύμιος Γιακουστίδης:       Καθηγητής Χειρουργικής (1997 - 2001)
Θωμάς Γερασιμίδης:            Καθηγητής Χειρουργικής - Αγγειοχειρουργικής (2001-2012) 
Χαράλαμπος Σπυρίδης:       Καθηγητής Χειρουργικής (2012 - 2016)
Απόστολος Καμπαρούδης: Καθηγητής Χειρουργικής (2016 - 2023)