Η ερευνητική δραστηριότητα της Κλινικής έχει ως σκοπό την εμπέδωση γνώσεων και την προώθηση νέων δεδομένων στη Γενική Χειρουργική, στη Λαπαροσκοπική Χειρουργική, στη Χειρουργική Ογκολογία, στις Χειρουργικές Λοιμώξεις, στο Τραύμα, στην Αγγειοχειρουργική και στην Ενδαγγειακή Χειρουργική.

Έτσι:

α) Εφαρμόζει ερευνητικά πρωτόκολλα στη διάγνωση και θεραπεία των νοσηλευομένων στην κλινική ασθενών,

β) Προγραμματίζει προοπτικές κλινικοεργαστηριακές μελέτες σε συνεργασία με συναδέλφους από κλινικές ή εργαστήρια του Νοσοκομείου ή από τμήματα  άλλων Νοσοκομείων της ημεδαπής ή της αλλοδαπής.

γ) Προγραμματίζει τη συμμετοχή με εκπόνηση και παρουσίαση εργασιών σε διεθνή και ελληνικά συνέδρια.

δ) Σχεδιάζει και εκπονεί διδακτορικές διατριβές, πειραματικές ή κλινικοεργαστηριακές, πάνω σε ενδιαφέροντα θέματα και σε αριθμό σύμφωνο με τις κείμενες διατάξεις της Ιατρικής Σχολής του ΑΠΘ. Για τη διευκόλυνση των ερευνητών διαθέτει Εργαστήριο Δεξιοτήτων.

ε) Συμμετέχει στη διοργάνωση ημερίδων, μεταπτυχιακών - διατομεακών μαθημάτων, συνεδρίων και συμποσίων.

Κεντρικός στόχος είναι η δημοσίευση των αποτελεσμάτων της ερευνητικής δραστηριότητας σε ελληνικά και ξένα επιστημονικά περιοδικά.

Γενικός Υπεύθυνος των προγραμμάτων έρευνας είναι ο Διευθυντής της Κλινικής, ενώ υπεύθυνος της λειτουργίας του Εργαστηρίου Δεξιοτήτων είναι ο Καθηγητής Χειρουργικής κ. Απόστολος Καμπαρούδης.